La plateforme C3D a pour objectif  de donner aux équipes de recherche fondamentale qui ont découvert un gène, une protéine ou une voie de signalisation impliquée dans le développement d’un cancer, les outils pour définir des molécules d’intérêt dites « candidats médicaments » agissant contre cette cible. La mise à disposition de cette plateforme au cœur de la recherche et des soins à Lyon permet aux scientifiques : 

• d’accélérer le transfert des résultats de la recherche fondamentale vers la recherche appliquée,
• de faciliter la mise en œuvre des études cliniques et le développement ultérieur de médicaments pouvant satisfaire un besoin médical non couvert. 

La plateforme C3D a été conçue pour mieux répondre aux attentes des industriels envers les chercheurs académiciens dans le développement commercial d’une molécule : apporter des données validées et des preuves de concept aussi avancées que possible sur un potentiel médicament

Sylvie Négrier, Directrice Générale du CLB et initiatrice de la plateforme C3D.

Sous la responsabilité de Stéphane Giraud, la plateforme C3D propose aux chercheurs un environnement scientifique et médical de haut niveau ainsi que des infrastructures innovantes. Elle dispose d’installations technologiques propres et des compétences multidisciplinaires (biologie, chimie médicinale, développement non-clinique) nécessaires à la conduite d’un projet de recherche pharmaceutique.

Dotée de tout le matériel indispensable à la biochimie, la biologie moléculaire et à la manipulation de tout type de cellule et d’une collection de plusieurs dizaines de milliers de molécules, la plateforme a récemment fait l’acquisition d’un robot permettant de tester l’effet de centaines, voire de milliers de composés en une seule journée. Deux spectromètres de masse dédiés à la détection et l’analyse de molécules dans des milieux complexes comme le plasma sanguin complètent l’équipement  de la plateforme.

Initié dès 2010 par Sylvie Négrier pour favoriser les applications cliniques à partir des résultats des chercheurs lyonnais en cancérologie, le projet du laboratoire de découverte du médicament a été construit par un groupe de chercheurs du Centre Léon Bérard et du Centre de recherche en cancérologie de Lyon...

Un besoin identifié de longue date par le réseau médico-scientifique lyonnais

Le besoin d’une plateforme de Drug Discovery à Lyon s’est transformé en 2010 en projet à l’initiative de Sylvie Négrier, Directrice Générale du Centre Léon Bérard (CLB). Connaissant la double compétence en science et en application industrielle d’Alain Puisieux, Patrick Mehlen, Christophe Caux, Jean-Guy Delcros et Jean-Jacques Diaz, Sylvie Négrier a fait appel à eux pour monter le dossier et faire l’interface entre les chercheurs du CLB, du Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) et de potentiels partenaires industriels. La plateforme C3D a pu enfin être financée en 2012 grâce à la souplesse et à la capacité de décision rapide de la fondation Synergie Lyon Cancer et grâce au soutien solide, financier et scientifique, du CLB et du CRCL.

Une conception par des chercheurs particulièrement légitimes sur la problématique

 Jean-Jacques Diaz et Jean-Guy Delcros, ont œuvré pour accélérer la mise en place scientifique et technique du C3D sous la coordination de Marina Rousseau-Tsangaris :

• Jean-Jacques Diaz, directeur de recherche Inserm responsable de l’équipe « Domaines Nucléaires et Pathologies » au CRCL, a dès sa thèse en 1988 , collaboré avec des R&D privées dans une approche de recherche de transfert : « Je tenais à trouver un débouché concret à mes découvertes aussi rapidement que possible » se souvient-il.

Parmi les résultats de la recherche académique, seul un petit nombre peut être utilisé pour la recherche appliquée. Avec la plateforme C3D, nous disposons de ressources pour identifier des candidats médicaments au cœur de la recherche fondamentale lyonnaise et en étroite collaboration avec les chercheurs.

Jean-Jacques Diaz

• Jean-Guy Delcros est chercheur dans l’équipe Apoptose, Cancer et Développement du CRCL dirigée par Patrick Mehlen. Depuis le début de ses travaux, il a fréquemment été confronté à la difficulté à trouver rapidement des compétences et des outils pour développer des médicaments  potentiels sur les cibles qu’il avait découvertes : « Le projet de plateforme C3D répondait à une attente personnelle », remarque le chercheur. « Il pouvait m’éviter d’aller prospecter les industriels avec la probabilité importante que mes résultats soient trop précoces pour eux ». Aujourd’hui, il se porte conseil auprès du responsable opérationnel de la plateforme pour évaluer la meilleure approche expérimentale à adopter en fonction de chaque projet et de ses objectifs.

Réalisation, mise en route et sélection des premiers projets du C3D

Après leur contribution à la rédaction du dossier et au concept du projet, le groupe de chercheurs responsables de la construction de C3D a initié la mise en place de la plateforme avec l’achat du matériel, le recrutement de Stéphane Giraud, responsable opérationnel, et Laetitia Martin, technicienne de laboratoire.

Aujourd’hui, la plateforme C3D est placée sous l’égide d’un Comité de Pilotage constitué de Sylvie Négrier, Jean-Jacques Diaz (référent), Jean-Guy Delcros, Jean-Yves Blay, Marina Rousseau-Tsangaris, Christophe Caux, Toufic Renno, Stéphane Giraud, Alain Puisieux et Patrick Mehlen. Le Comité de Pilotage de C3D est en charge de la sélection des projets, du suivi scientifique, technique et financier de la plateforme. Suite à un premier appel à projets, différents travaux concernant les cancers du foie et du colon ont été sélectionnés et lancés en 2012. Les analyses sont en cours.

A partir d’une cible identifiée par la recherche fondamentale, la mise au point d’un médicament commence par un véritable « casting » parmi des milliers de molécules.

Entre recherche scientifique et premières expérimentations

Dans le processus de développement d’un médicament, la plateforme C3D a pour vocation d’intervenir sur l’ensemble des  étapes se situant entre la recherche fondamentale et la recherche clinique. Le rôle d’une telle plateforme est de rechercher des molécules prometteuses pour la mise au point d’un médicament.

Les détails du processus et un exemple, pour mieux comprendre

Une équipe de recherche académique (ou fondamentale) découvre et valide une « cible » (un gène, une protéine, une enzyme…) de l’organisme qui intervient dans un cancer particulier. Sur différents modèles, elle a montré qu’en agissant sur cette cible, par exemple en inhibant son expression, on peut envisager un effet favorable sur la maladie. Il faut d’abord trouver une molécule qui présente cet effet inhibiteur pour tester ce projet thérapeutique sur un organisme vivant.

L’étape d’identification d’une telle molécule commence. Elle-même procède en phases successives bien protocolées :

1. Choix et mise au point d’un test in vitro permettant de visualiser (en fluorescence, en luminescence…) et de mesurer dans le puits d’une microplaque l’activité de la cible : par exemple, la production d’une enzyme à partir de son substrat.
2. Mise en contact du produit avec des molécules :

   • Par un criblage de banques de molécules. C’est ainsi qu’aujourd’hui encore la plupart des médicaments sont identifiés. La plateforme C3D compte  plusieurs dizaines de milliers de composés pouvant « passer au crible » le produit du test et d’un robot pouvant analyser des milliers de ces molécules par jour.

   • Par une méthode rationnelle basée sur des données scientifiques connues sur la cible. Par des techniques de modélisation in silico (sur des modèles informatiques), on dessine une molécule « virtuelle » en essayant de concevoir des liaisons atomiques pertinentes.

3. Après isolement (ou identification) des composés « touches » ou hits démontrant des effets intéressants, exécution de nouveaux tests pour mesurer l’effet-dose et vérifier les propriétés physicochimiques des molécules.

4. Optimisation par la chimie médicinale de la structure moléculaire des hits pour améliorer leur activité sur la cible et leur comportement in vivo (toxicité, biodisponibilité, etc.).

On obtient ainsi des molécules leads (têtes de série) qui seront testées sur des modèles expérimentaux de cancer. En cas de bons résultats préliminaires, le programme de développement du médicament peut commencer.

La plateforme C3D met en place des outils immédiatement opérationnels pour les chercheurs et prend en charge la sous-traitance nécessaire pour accélérer le passage des cibles identifiées en candidats médicaments. Nous possédons l’expertise pour accompagner chaque dossier qui lui est confié jusqu’à la phase clinique.

Stéphane Giraud, responsable opérationnel de la plateforme C3D.

La plateforme C3D lance son second appel à projets en oncologie.

L’objectif de cet appel est d’identifier et de sélectionner des projets susceptibles d’être la base de nouveaux programmes de développement thérapeutique en oncologie.

Vous trouverez, ci-joint, le détail de l’appel à projets ainsi que le dossier à compléter et à renvoyer avant le 28 février 2014.

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